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成吉思汗统一全蒙古之后，率领蒙古人开启了征服世界的历程，也使得蒙古人从斡难河畔走向了更广阔的的天地。
元朝灭亡之后，成吉思汗建立的体系开始崩塌，在明清两朝的打击下、内部的不断纷争重组中，蒙古族开始了以新的形态出现。
北元灭亡之后，蒙古经过一系列的纷争与分裂重组，想要理清其中的头绪，实在不是一件容易的事情。
元顺帝北逃之后，蒙古分裂为瓦剌和鞑靼两部。其中鞑靼又称为蒙古本部，瓦剌位于鞑靼的西北。按照地理方位，可将此时的蒙古主体分为东蒙古和西蒙古。
明末清初的东亚形势
1.达延汗时代
明英宗时期，东蒙古的大汗是蒙古人的共主，黄金家族的后裔脱脱不花。元朝皇室后裔脱脱不花一共兄弟三人：脱脱不花、阿噶巴尔济、满都鲁。瓦剌首领也先短暂统一了蒙古各部，也先攻杀蒙古大汗脱脱不花，建号称汗。
达延汗
也先随后在瓦剌的内讧中被杀，脱脱不花兄弟一系的满都鲁后来被拥立为汗，大败瓦剌，瓦剌开始西迁。
满都鲁死后，其妻满都海拥立阿噶巴尔济的孙子巴图孟克为汗，就是著名的达延汗。
满都海与达延汗先后东征西讨，基本上统一了东蒙古各部，达延汗也成为也先之后又一位统一蒙古的英雄。为了蒙古人的长治久安，达延汗开始进行新一轮的社会改革。
达延汗属下的东蒙古包括左翼察哈尔、喀尔喀、兀良哈；右翼鄂尔多斯、永谢布、土默特共六个万户，还有科尔沁部、朵颜、泰宁、福余三卫。达延汗本人直辖察哈尔万户，统领左翼三万户，长子图鲁博罗特继承掌管察哈尔万户，三子巴尔斯波罗特统率右翼三万户。
以下介绍比较重要的几个万户：
察哈尔部作为大汗的直属部落，来源于成吉思汗的“怯薛军”，本部包括8个鄂托克（部）组成，称为察哈尔八部。
喀尔喀部包括内五鄂托克喀尔喀和外七鄂托克喀尔喀共12鄂托克（部）
兀良哈万户原居于贝加尔湖附近，一部南迁朵颜山，就是明朝的朵颜卫。其余的保持原有的结构成为东蒙古六万户之一。
鄂尔多斯万户，奉命守卫存放成吉思汗遗物的八白室的部落，因为在明朝时期该部落进驻河套的鄂尔多斯地区而得名，共有12鄂托克。
永谢布万户，主要由永谢布、喀喇沁、阿苏特三部组成。阿苏特部是被蒙古征西大军带回东方的伊朗人后裔，已经完全蒙古化了；永谢布部来源复杂，包括钦察人、布里亚特、阿速卫、喀喇沁等部民组成；喀喇沁部远祖是成吉思汗的大将者勒蔑，部民包括元朝皇室的护卫亲军钦察卫、阿速卫等，滦河上游的察罕脑儿行宫的各族工匠，以及陆续加入的瓦剌部落。
土默特万户，源自古老的林木中百姓秃麻部，包括12个大部落和一些小部落，称为12土默特。
科尔沁部：是成吉思汗弟弟合撒儿的后裔组成，内部包括科尔沁、杜尔伯特、郭尔罗斯、扎赉特、阿鲁科尔沁、四子部落、茂明安、乌拉特等。
达延汗共11个儿子，为了巩固统治，分封诸子领有各部。6个万户中，兀良哈万户没有分封给子弟。
长子长孙卜赤继承了汗位和察哈尔万户；次子遇害绝嗣；三子巴尔斯博罗特，担任济农统辖右翼三万户，领有鄂尔多斯万户，驻地在河套地区；四子阿尔苏博罗特，领有土默特万户中的多伦土默特部，驻牧在河套地区，后来西迁；五子斡齐尔博罗特，领察哈尔万户中的克什克腾部；六子阿勒楚伯罗特，领喀尔喀万户中的内五鄂托克喀尔喀；七子阿尔博罗特，领察哈尔万户之浩齐特部；八子格哷博罗特，领察哈尔万户中的敖汉、奈曼两部；九子格哷图台吉，绝嗣；十子乌把伞青台吉，领永谢布万户包括阿苏特部；十一子格埒森扎台吉，领喀尔喀万户中的外七鄂托克喀尔喀。是外喀尔喀蒙古（外蒙古）的始祖。
达延汗去世之后，三子统辖右翼三万户，抢占汗位。后来将汗位归还卜赤，其济农职位由长子衮必里克继承。
衮必里克济农继位之后带领五个兄弟征战四方，扩张右翼势力，他的弟弟俺答汗在父兄的庇佑之下占据了土默特万户。并且将其叔父的多伦土默特也纳入旗下。达延汗第十子乌把伞青台吉死后，二子纷争，其中的阿苏特和永谢布两部被济农的六弟占据，喀喇沁部被济农的四弟占据。至此，东蒙古右翼三万户中的绝大部分都落入了济农兄弟手中。
2.俺答汗时代
随着右翼势力的上涨，左翼江河日下，即使在卜赤驻帐的察哈尔万户之内，克什克腾、敖汉、奈曼等部也属于其叔父领有。兀良哈万户未被分封，独立性非常强，经常攻击其他各部。卜赤汗只有察哈尔万户和喀尔喀万户可用，难以抵挡兀良哈万户的进攻。执掌土默特万户的俺答汗迅速在协助卜赤汗“平叛”的战斗中崛起。
俺答汗
衮必力克济农和卜赤汗会盟讨伐兀良哈部，最后分解了兀良哈万户，将其肢解并入其他五万户中。衮必力克去世之后，俺答汗代理统率右翼三万户，成为实际上的右翼领袖。俺答汗驻帐于富庶的河套地区，发展经济，收留逃亡汉人开展农业活动，很快成为北疆最强大的势力。隆庆二年，俺答汗远征卫拉特部（瓦剌），迫使卫拉特诸部继续西迁，夺取了包括和林在内的漠北地区，使其成为外喀尔喀七部的领地，即是外蒙古的前身。
俺答汗时代，藏传佛教开始在蒙古高原大规模流传
俺答汗对内成为东蒙古内最强大的力量，击败卫拉特诸部，对明朝采取大规模军事行动。成为草原上的新霸主，并且引入藏传佛教中的黄教进行思想控制，维护自己的统治。并且注重发展实力，抢占地盘，让自己的子婿率领部众进入青海、甘肃游牧，逐步开启了蒙古与西藏接触的时代。
1578年，俺答汗在青海湖边与藏传佛教领袖索南嘉措会见。二人互赠尊号，格鲁派开始在蒙古各部中传教。
在俺答汗强盛的同时，达延汗的嫡系子孙虽然继承了大汗之位，却受到了土默特部巨大的威胁，于是察哈尔部开始东迁。东迁至辽河地区的察哈尔部直接与明朝、女真人为临，参与到满洲统一中国的进程中去了。
时间来到明朝末年，由于蒙古诸部分别驻牧于漠南、漠北、漠西、甘肃、青海等地，各部首领子孙繁衍，支系众多，不断兼并重组，出现了许多新的部落名称。
习惯上将大漠以南，长城以北的蒙古各部成为漠南蒙古。漠南蒙古分左右两翼，左翼包括察哈尔诸部、内喀尔喀五部、科尔沁两部、兀良哈三卫；还有合撒儿后裔的茂明安部、乌拉特部；成吉思汗 幼弟斡赤斤后裔的四子部、翁牛特部；别勒古台后裔的阿巴哈纳尔等部。
察哈尔万户属下的克什克腾部、浩齐特部、敖汉部、奈曼部、苏尼特部、乌珠穆沁部等，由大汗世袭统治，万历三十一年（1603年），林丹继大汗之位，就是林丹汗。
3.明末清初
俺答汗之后的右翼繁衍出许多支系，但是整体比较稳定，鄂尔多斯万户与土默特万户诸部形成两个稳定的部落集团。永谢布万户的各部以喀喇沁、永谢布、阿苏特各部最强，逐渐自立。
鄂尔多斯部由衮必力克济农后代世袭，主要活动于河套一带，是明朝所称的“套部”。后世逐渐纷乱，分为数十个部落。
土默特部由俺答汗后代世袭统治，俺答汗去世后，子孙逐渐衰落；喀喇沁部向东发展，强盛时期拥有数十个部落，几十万部众；永谢布、阿苏特两部进入甘肃、青海，部众数十万，成为西北强大的势力。
林丹汗
漠北外喀尔喀七部，是喀尔喀万户的一部分，格埒森扎去世后，七个儿子分领外喀尔喀七部，俺答汗击败卫拉特之后，外喀尔喀人进占和林地区。格埒森扎的孙子阿巴岱父子后来屡次大败卫拉特，逐渐占据全部漠北地区。万历十五年（1587年），阿巴岱前往归化谒见第三世达lai喇嘛,获尊号“瓦齐尔汗”，从此喀尔喀诸部称汗。
1603年，明万历三十一年，林丹汗继位。此时明朝政治腐败、财政枯竭，建州女真崛起，努尔哈赤统一女真各部，开始与明朝和蒙古发生冲突。林丹汗因在宗教信仰问题上失去了藏传佛教格鲁派的支持，转向噶玛噶举派，导致信仰格鲁派的蒙古诸部的孤立。
清初的清帝国与蒙古高原各部势力分布图
林丹汗目光短视，对外与明朝和后金时战时和，要挟明朝廷给予其赏赐，又经常袭扰明朝军队，使面对后金军队的明朝捉襟见肘。对内欺凌各部，导致科尔沁、内喀尔喀诸部离心，反而与努尔哈赤结盟。
1632年，皇太极征讨林丹汗，林丹汗撤往西部，不仅未能团结鄂尔多斯、土默特诸部，反而残杀各部属民，人心涣散。皇太极追击至归化，林丹汗逃往青海，在甘肃境内病亡。察哈尔部随后被后金攻灭。漠南蒙古诸部归顺后金。
崇祯九年，公元1636年，漠南蒙古16部，49名首领在盛京拥戴皇太极为蒙古大汗“博格达·彻辰汗”。漠南蒙古全部臣服于后金。
清太宗皇太极，博格达·彻辰汗